合同会社の税金はいくら？設立から確定申告まで初心者にもわかりやすく解説

合同会社を設立したばかりの方や、これから設立を検討している方にとって、税金の仕組みは最も悩ましい問題のひとつです。

本記事では、合同会社にかかる税金について、設立時の登録免許税から年間の法人税、消費税、そして確定申告の方法まで、初心者でもわかりやすく解説します。

株式会社との税制上の違いや、資本金による税率の違いも明確にし、適切な節税対策も紹介しています。

この記事を読むことで、「合同会社にはどんな税金がかかるのか」「確定申告はどう進めればいいのか」「法的に問題なく税負担を軽減するにはどうすればいいのか」といった疑問が解消され、自信を持って会社経営に取り組めるようになります。

税理士に相談する前の基礎知識として、ぜひご活用ください。

合同会社の税金の基本知識

合同会社を運営する上で避けて通れないのが税金の問題です。

合同会社の経営者として税務に関する基本的な知識を持っていることは、適切な経営判断を行う上で非常に重要です。

ここでは、合同会社の税金に関する基本的な知識を解説します。

合同会社とは何か

合同会社（LLC: Limited Liability Company）は、2006年の会社法改正によって日本に導入された比較的新しい会社形態です。

出資者（社員）全員が有限責任を負う点が特徴で、株式会社よりも設立や運営の手続きが簡素化されています。

合同会社の主な特徴は以下の通りです：

• 出資者（社員）が有限責任を負う（出資額の範囲内で責任を負う）
• 資本金の額に法的な最低限度がない（1円からでも設立可能）
• 定款の認証が不要（株式会社では公証人による認証が必要）
• 内部自治が認められている（会社運営のルールを柔軟に決められる）
• 出資額に関わらず議決権の割合を自由に決定できる

このような特徴から、少人数での起業や小規模ビジネスの展開、専門サービス業などに適した会社形態として選ばれることが多くなっています。

合同会社と株式会社の税金の違い

法人格を持つ点では合同会社も株式会社も同じですが、税金面でいくつかの違いがあります。

以下に主な違いをまとめました。

税率自体は両者で差がないものの、合同会社は設立コストが低く、内部運営の自由度が高いため、税務面での柔軟性を持ちやすい特徴があります。ただし、税務上は株式会社と合同会社はどちらも「普通法人」として扱われるため、基本的な課税の仕組みはほぼ同じです。

合同会社に課される主な税金の種類

合同会社には様々な種類の税金が課されます。
これらは大きく分けて国税と地方税に分類されます。

国税

国に納める税金には主に以下のものがあります：

• 法人税：会社の所得（利益）に対してかかる税金
• 消費税：商品やサービスの販売時に課される税金
• 源泉所得税：従業員や役員の給与から天引きして納める税金
• 復興特別法人税：法人税額に対して課される付加税（現在は終了）
• 登録免許税：会社設立時や不動産登記時などに課される税金
• 印紙税：契約書などの文書作成時に課される税金

地方税

地方自治体に納める税金には主に以下のものがあります：

• 法人住民税：均等割と法人税割からなる地方税
• 法人事業税：事業活動に対して課される地方税
• 固定資産税：会社が所有する土地・建物・償却資産に課される税金
• 事業所税：一定規模以上の都市の事業所に課される税金

これらの税金は事業規模や収益状況、事業内容などによって納税額や納税義務の有無が変わります。
特に合同会社の経営者が把握しておくべき重要な税金について詳しく見ていきましょう。

法人税

法人税は会社の所得（売上から経費を引いた利益）に対してかかる税金です。
合同会社の場合、資本金の額によって税率が異なります。

多くの合同会社は資本金が1億円以下であるため、年間800万円までの所得に対しては軽減税率（15%）が適用されます。
ただし、大法人（資本金5億円以上など）の子会社にあたる場合は、この軽減税率が適用されないケースがあるので注意が必要です。

消費税

消費税は商品やサービスの販売時に発生する税金です。
2024年現在の税率は10%（軽減税率対象品目は8%）となっています。

ただし、合同会社の場合、設立初年度と翌年度は免税事業者として消費税の納税が免除されることがあります。
さらに、前々年度の売上が1,000万円以下の場合も納税義務が免除されます。
ただし、消費税の納税義務がない場合でも、仕入れ時に支払った消費税は控除できないため、実質的な負担増となることがある点に注意が必要です。

地方税（法人住民税・法人事業税）

法人住民税は「均等割」と「法人税割」の2つから構成されます。
均等割は資本金等の額と従業員数によって決まる定額部分で、法人税割は法人税額に一定の税率をかけて計算します。

法人事業税は事業の所得に対して課される税金で、業種によって税率が異なります。
一般的な業種の場合、所得に応じて3.5%～9.6%の範囲で課税されます。

近年は地方法人税も導入され、法人税額の10.3%を国に納める必要があります。
これらの税率は改正されることがあるため、最新の情報を確認することが重要です。

合同会社を運営する上で、これらの税金についての基本的な知識を持つことで、適切な資金計画を立てることができます。
特に、設立初期の段階から税務への理解を深めておくことで、将来的な税負担の予測や効率的な節税対策につながります。

合同会社の設立時にかかる税金と費用

合同会社を設立する際には、様々な税金や費用が発生します。
これらを事前に理解しておくことで、予想外の出費を防ぎ、円滑に会社設立を進めることができます。

ここでは、設立時に必要となる主な税金と費用について詳しく解説します。

登録免許税の計算方法と納付方法

合同会社を設立する際に必ず支払わなければならないのが「登録免許税」です。
これは、法務局で会社の登記を行う際に課される税金です。

合同会社の設立登記にかかる登録免許税は、資本金の額の0.7％となります。
ただし、計算結果が15万円未満の場合は、最低税額として6万円が適用されます。

登録免許税の納付方法は主に以下の2つです：

1. 収入印紙を貼付する方法：登記申請書に収入印紙を貼付して納付します。
2. 現金納付する方法：納付書を使って金融機関で支払い、納付済証明書を登記申請書に添付します。

また、最近では電子申請による設立登記も一般的になっており、この場合は電子納付が可能です。

電子納付では、インターネットバンキングやクレジットカードを利用して支払うことができます。

定款認証にかかる費用

合同会社の設立には、「定款」という会社の基本的なルールを定めた書類が必要です。

株式会社と異なり、合同会社の場合は定款の公証人による認証が不要であるため、大きなコスト削減になります。

ただし、定款作成自体には以下の費用が発生する可能性があります：

コスト削減のためには、電子定款を作成する方法がおすすめです。

電子定款を作成すれば印紙税の4万円が不要となります。
ただし、電子署名のための電子証明書（約8,000円程度）が必要になる場合があります。

自分で定款を作成するのが難しい場合は、司法書士や行政書士に依頼することも可能です。
その場合の費用は以下の通りです：

• 司法書士・行政書士への定款作成依頼：約3万円～6万円
• 設立登記の代行依頼（オプション）：約5万円～8万円

設立時の消費税の取り扱い

合同会社を設立した初年度は、特別な事情がない限り消費税の納税義務が免除されます。
これは、新たに設立された法人は前々年度の課税売上高がないため、免税事業者として扱われるためです。

しかし、以下のケースでは設立初年度から消費税の課税事業者となる可能性があります：

1. 資本金が1,000万円以上の場合：資本金が1,000万円以上で設立された合同会社は、設立1期目と2期目は自動的に課税事業者となります。
2. 課税事業者を選択した場合：「課税事業者選択届出書」を提出することで、任意に課税事業者になることができます。
3. 特定期間（前年の上半期）の課税売上高が1,000万円を超える場合：事業年度の途中で設立された場合の翌々年度に影響します。

設立時の消費税については、以下の点に注意が必要です：

• 設立費用（登録免許税や司法書士報酬など）にかかる消費税は、将来的に課税売上割合に応じて控除できる可能性があります。
• 免税事業者の期間に支払った消費税は、後から控除することはできません。
• 将来的に多額の設備投資を予定している場合は、設立当初から課税事業者を選択することで、仕入税額控除の恩恵を受けられる可能性があります。

設立時の消費税について、事業計画に応じた最適な選択をするためには、次の表を参考にしてください：

設立時に支払う主な費用と税金をまとめると、最低限必要な費用は以下のようになります：

専門家に依頼する場合は、上記に加えて専門家報酬（5万円～15万円程度）が発生します。
ただし、自分で手続きを行うことで大幅なコスト削減が可能です。

合同会社の設立は株式会社と比較して手続きが簡素で費用も抑えられるため、初めて法人を設立する方や小規模で事業を始める方に適しています。

設立時の税金と費用を正確に把握し、計画的に準備を進めましょう。

▶ 会社設立の代行費用実質0円、個人事業主とのメリットデメリット流れと手順

合同会社の法人税の計算方法

合同会社が納めるべき法人税は、会社の規模や資本金によって税率が異なります。
また、適切な経費計上や税制優遇措置の活用により、合法的に税負担を軽減することも可能です。

ここでは、合同会社の法人税について詳しく解説します。

法人税率はいくら？資本金による違い

合同会社の法人税率は、資本金の額によって異なります。

現行の法人税法では、資本金1億円以下の中小法人と、資本金1億円超の大法人とで税率に違いがあります。

合同会社は設立時の資本金が比較的少額で済むため、多くの場合は中小法人として扱われ、軽減税率の恩恵を受けることができます。

ただし、法人税だけでなく、法人住民税や法人事業税も合わせて考える必要があります。
これらを合計した実効税率は、約30%程度となります。

中小企業向け軽減税率の適用条件

法人税の軽減税率を適用できる中小法人の条件は次のとおりです：

• 資本金が1億円以下であること
• 大法人（資本金5億円以上または従業員1,000人以上の法人）に発行済株式または出資の50%以上を保有されていないこと
• 複数の大法人に発行済株式または出資の3分の2以上を保有されていないこと

合同会社の場合、出資者（社員）構成によっては、資本金が1億円以下でも軽減税率が適用されないケースがあるため注意が必要です。

軽減税率が適用される年800万円以下の所得部分は、事業年度が1年未満の場合、その月数に応じて按分計算されます。

例えば、設立後最初の決算が8ヶ月の場合、軽減税率の適用対象となる所得金額は約533万円（800万円×8/12）となります。

合同会社の所得計算の基本

法人税の計算は、以下の公式で行います：

☆ 課税所得金額 = 益金の額 – 損金の額

「益金」とは収益に相当するもので、「損金」とは費用に相当するものです。
ただし、会計上の収益・費用と税務上の益金・損金には違いがある点に注意が必要です。

例えば、交際費や寄付金などは、会計上は全額費用として計上できますが、税務上は一部しか損金算入できないケースがあります。

売上と経費の計上タイミング

合同会社における売上（益金）と経費（損金）の計上タイミングは、原則として「発生主義」に基づいて行います。
これは、現金の収支に関わらず、権利や義務が確定した時点で計上する方法です。

• 売上（益金）の計上時期：商品等を引き渡した時点、またはサービスの提供を完了した時点
• 経費（損金）の計上時期：債務が確定した時点

ただし、継続適用を条件として、一定の範囲内で現金主義的な処理（小規模事業者の特例など）も認められています。

合同会社を設立したばかりの事業者が特に注意すべき点として、売上の計上漏れがあります。
請求書の発行時ではなく、商品・サービスの提供時が売上計上のタイミングである点を押さえておきましょう。

損金算入できる経費の範囲

法人税の計算において損金算入できる経費は、「通常の事業活動に必要な費用」が基本となります。

主な損金算入できる経費には以下のようなものがあります：

• 仕入れ・外注費
• 役員・従業員の給与
• 地代家賃
• 水道光熱費
• 通信費
• 広告宣伝費
• 接待交際費（一部制限あり）
• 減価償却費
• 租税公課（法人税等を除く）
• 貸倒損失

一方、以下のようなものは損金算入に制限があります：

合同会社でよくある間違いとして、役員（社員）への報酬を「場当たり的」に支払うケースがあります。
これは損金算入が認められないため、毎月同額の定期同額給与として支払うか、事前に税務署に届け出る事前確定届出給与として支払う必要があります。

また、合同会社特有の注意点として、出資者（社員）への利益分配に関する処理があります。

合同会社では、定款で定めた利益分配比率に従って社員に利益を分配しますが、この分配金は会社の損金ではなく、利益処分として扱われます。
すなわち、法人税を計算する際の課税所得から控除できません。

家事関連費の按分については、特に個人から法人成りした合同会社で注意が必要です。
自宅の一部を事務所として使用している場合や、個人的な用途と事業用途で兼用している車両の経費など、家事関連費は適切に按分しなければなりません。

減価償却資産については、税法で定められた耐用年数に基づいて減価償却を行います。

少額減価償却資産（10万円未満）や一括償却資産（20万円未満）の特例も活用できます。特に合同会社の設立初期は設備投資が多いことが予想されるため、これらの特例を理解しておくことで税負担を適切に管理できます。

なお、消費税の課税事業者である合同会社は、経費を計上する際に消費税の処理にも注意が必要です。

税抜経理方式を採用している場合は、経費の金額から消費税分を除いた金額を損金として計上します。

合同会社の社会保険と税金の関係

合同会社を運営する上で、社会保険に関する知識は税金と密接に関連しています。

適切な社会保険の加入と税務処理を行うことで、会社のコンプライアンスを保ちながら、適正な税負担を実現できます。

社会保険の加入義務と税負担

合同会社は法人であるため、一定の条件を満たすと社会保険（健康保険・厚生年金保険）への加入が義務付けられます。
この社会保険の加入義務と税金には重要な関連性があります。

従業員を雇用する合同会社は、原則として社会保険に加入する必要があります。

常時従業員を使用する法人は、法人設立と同時に社会保険の強制適用事業所となります。

合同会社が負担する社会保険料（会社負担分）は、法人税の計算上、全額を損金に算入することができます。
これは税負担を軽減する効果があります。

社会保険料の会社負担分は「福利厚生費」として経費計上できるため、適切に処理することで課税所得を減らし、法人税や住民税の負担を軽減できます。

一方、従業員負担分の社会保険料は、給与から天引きして従業員に代わって納付するものですが、この部分は会社の経費とはならず、単に預かり金として処理します。

役員報酬にかかる税金と社会保険料

合同会社の社員（出資者）が役員として報酬を受け取る場合、その報酬には税金と社会保険料がかかります。

役員報酬の設計は税務戦略上非常に重要です。

役員報酬の税務上の取り扱い

役員報酬には、定期同額給与、事前確定届出給与、業績連動給与の3つの類型があります。
合同会社で最も一般的なのは定期同額給与です。

定期同額給与は、毎月同額を支給する報酬で、事業年度開始から3ヶ月以内に金額を決定する必要があります。
この期間内であれば自由に金額を設定でき、法人税の損金として全額計上できます。

役員報酬に対しては、所得税（源泉徴収）と住民税が課されます。
年間の役員報酬総額によって税率が変わりますが、おおよそ以下のような負担となります。

役員報酬の設計は、法人税と所得税のバランスを考慮することが重要です。
報酬が多すぎると個人の所得税負担が増え、少なすぎると法人に利益が残り法人税の負担が増加します。

役員の社会保険料負担

合同会社の役員も、従業員と同様に社会保険（健康保険・厚生年金保険）に加入する必要があります。
報酬月額に応じて保険料が決まり、会社と役員で折半して負担します。

たとえば、月額報酬30万円の役員の場合、健康保険料と厚生年金保険料の合計は約5万円程度となり、会社と役員がそれぞれ2.5万円ずつ負担することになります。

役員の社会保険料の会社負担分は、法人税の計算上、損金に算入できます。
一方、役員本人が負担する社会保険料は、所得税の計算上、社会保険料控除として全額が所得控除されます。

役員報酬と社会保険料の最適化

役員報酬を決める際には、社会保険料の標準報酬月額の区分を意識すると効率的です。
標準報酬月額は実際の報酬を区分ごとに当てはめた金額で、これをベースに社会保険料が計算されます。

例えば、月額報酬を103,000円に設定すると標準報酬月額は104,000円になりますが、これを100,000円にすれば標準報酬月額は98,000円になります。
わずか3,000円の報酬差で、社会保険料の計算基準が6,000円も変わるため、これを意識した報酬設計が可能です。

小規模企業共済と節税効果

合同会社の役員は、小規模企業共済に加入することができます。
掛金は月額1,000円から70,000円まで自由に設定でき、全額が所得控除の対象となります。

また、法人が掛金を負担する場合、その全額を損金に算入できます。
この場合、役員にとっては「給与所得」として課税されますが、小規模企業共済の所得控除により相殺されるため、実質的な税負担は生じません。

このように小規模企業共済は、役員の老後資金の確保と節税を同時に実現できる効果的な制度です。

社会保険料の節約と適正な処理

社会保険料を適正に抑えるための方法として、以下の点に注意が必要です：

• 役員報酬は標準報酬月額の区分を意識して設定する
• 賞与の支給時期や金額を計画的に設計する
• 家族従業員の適正な給与設計を行う
• 法定福利費と福利厚生費の区分を明確にする

ただし、過度な社会保険料の節約策は税務調査の対象となる可能性があります。
特に、役員報酬を不自然に低く設定することは「役員報酬の不相当性」として指摘される恐れがあります。

社会保険料と税金の最適化は、コンプライアンスを遵守しながら、会社の実態に即した適正な水準で行うことが重要です。
必要に応じて税理士や社会保険労務士に相談しながら進めることをお勧めします。

合同会社の消費税の仕組みと納付

合同会社を運営する上で、法人税と並んで重要なのが消費税の取り扱いです。

消費税は最終的に消費者が負担するものですが、事業者である合同会社がいったん預かり、納税する仕組みになっています。

この章では、合同会社における消費税の基本的な仕組みから納付方法まで詳しく解説します。

消費税の課税事業者と免税事業者

合同会社が消費税を納める義務があるかどうかは、課税売上高によって決まります。

消費税の納税義務がある事業者を「課税事業者」、納税義務が免除される事業者を「免税事業者」と呼びます。

基本的なルールとして、次のように区分されます：

ここで重要なのが「基準期間」の概念です。

基準期間とは、法人の場合、原則として2年前の事業年度を指します。

例えば、令和5年4月1日から令和6年3月31日までの事業年度における消費税の納税義務は、令和3年4月1日から令和4年3月31日までの事業年度の課税売上高によって判定されます。

設立して間もない合同会社の場合は特例があります：

• 設立1期目：原則として免税事業者（資本金1,000万円以上の場合は課税事業者）
• 設立2期目：1期目の課税売上高を年換算して1,000万円を超える場合や特定期間（原則として前事業年度の上半期）の課税売上高が1,000万円を超える場合は課税事業者

新設法人で資本金が1,000万円以上の合同会社は、設立1期目と2期目は自動的に課税事業者になる点に注意が必要です。
多くの合同会社は資本金が少額であるため、設立当初は免税事業者となるケースが多いでしょう。

また、免税事業者であっても「課税事業者選択届出書」を提出することで、自主的に課税事業者になることができます。
これは、仕入税額控除を受けたい場合などに有効な選択です。

簡易課税制度のメリットとデメリット

課税事業者となった合同会社は、通常の「本則課税」と「簡易課税」のどちらかを選択できます。
特に、直前の課税期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者は「簡易課税制度」を選択することができます。

簡易課税制度の特徴は以下の通りです：

「みなし仕入率」は事業区分によって異なり、以下のように設定されています：

簡易課税制度のメリットとデメリットを以下に示します：

メリット

• 事務負担の大幅な軽減（仕入税額の計算が簡単）
• 実際の仕入率がみなし仕入率より低い場合、納税額が少なくなる
• 帳簿の保存が本則課税より簡略化できる

デメリット

• 実際の仕入率がみなし仕入率より高い場合、本則課税より納税額が多くなる
• 一度選択すると2年間は変更できない
• 設備投資が多い年は本則課税の方が有利な場合が多い

合同会社では、特にコンサルティングやIT関連サービスなど実際の仕入れが少ない業種の場合、簡易課税制度が有利になることが多いです。
例えば、システム開発を行う合同会社（第5種：みなし仕入率50%）の場合、実際の仕入れがほとんどなくても、売上に対する消費税の半分が控除されることになります。

消費税の納付時期と計算方法

合同会社における消費税の納付時期と計算方法は、事業規模や課税方式によって異なります。

まずは基本的な納付時期についてご説明します。

消費税の納付時期は、原則として以下のようになります：

例えば、3月決算の合同会社であれば、4月1日から翌年3月31日までの1年間が課税期間となり、その年の5月末日までに申告・納付を行う必要があります。

ただし、直前の課税期間の年税額が400万円を超える場合は、中間申告・納付の義務が生じます：

次に、消費税の計算方法について解説します。消費税額の基本的な計算式は以下の通りです：

本則課税の場合

☆ 納付税額 = 課税売上に係る消費税額 – 課税仕入れ等に係る消費税額（仕入税額控除）

簡易課税の場合

☆ 納付税額 = 課税売上に係る消費税額 × (1 – みなし仕入率)

実際の計算例を見てみましょう。
年間の課税売上が2,000万円、課税仕入れが800万円のIT関連サービスを提供する合同会社の場合：

本則課税の場合（消費税率10％として計算）

• 課税売上に係る消費税額：2,000万円 × 10% = 200万円
• 課税仕入れに係る消費税額：800万円 × 10% = 80万円
• 納付税額：200万円 – 80万円 = 120万円

簡易課税の場合（第5種：みなし仕入率50%）

• 課税売上に係る消費税額：2,000万円 × 10% = 200万円
• 仕入税額控除：200万円 × 50% = 100万円
• 納付税額：200万円 – 100万円 = 100万円

この例では、簡易課税の方が有利となります。
ただし、実際の仕入率が50%を超える場合は、本則課税の方が有利になります。

合同会社が消費税の納付を適切に行うためには、事業内容や仕入れの状況を踏まえて、本則課税と簡易課税のどちらが有利かを検討することが重要です。
特に成長段階にある合同会社は、事業規模の拡大に伴い最適な選択が変わる可能性があるため、定期的な見直しが必要になります。

また、消費税の計算や申告に不安がある場合は、税理士に相談することをお勧めします。
特に、インボイス制度の導入により、2023年10月以降は、適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）の登録を検討する必要があります。

免税事業者からの仕入れに係る消費税は原則として控除できなくなるため、取引先との関係も含めて早めに対応を検討しましょう。

合同会社の確定申告の進め方

合同会社を運営する上で避けて通れないのが確定申告です。

法人税、法人住民税、事業税など様々な税金を正確に申告し納付する必要があります。

ここでは、合同会社の確定申告について詳しく解説します。

確定申告の期限と提出書類

合同会社の確定申告は、事業年度終了日から2ヶ月以内に行う必要があります。

多くの合同会社では3月末を事業年度末としているため、5月末が申告期限となります。

提出が必要な主な書類は以下の通りです：

1. 法人税申告書（別表一から別表十七まで）
2. 決算書（貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書、注記表）
3. 法人事業概況説明書
4. 法人住民税申告書
5. 法人事業税・地方法人特別税申告書
6. 消費税及び地方消費税申告書（課税事業者の場合）

これらの書類は税務署、都道府県税事務所、市区町村役場にそれぞれ提出する必要がありますが、電子申告（e-Tax）を利用することで一括して提出することが可能です。

なお、申告期限の延長が必要な場合は、「法人税申告期限延長申請書」を提出することで最大1ヶ月の延長が認められることがあります。

青色申告のメリットと手続き

合同会社は設立後に青色申告の承認申請を行うことで、様々な税制上の優遇措置を受けることができます。

青色申告の主なメリットには以下のようなものがあります：

• 欠損金の繰越控除（最大10年間）
• 欠損金の繰戻し還付
• 少額減価償却資産の特例（30万円未満の資産を一括経費計上可能）
• 貸倒引当金の損金算入
• 各種準備金の損金算入
• 圧縮記帳の適用

青色申告の承認を受けるためには、設立の日から3ヶ月以内、または事業年度開始の日の前日までに「青色申告の承認申請書」を税務署に提出する必要があります。

設立初年度に青色申告を行いたい場合は、特に期限に注意しましょう。

青色申告を行うためには、複式簿記による記帳が必要です。

帳簿の記帳方法や保存方法についても法令で定められていますので、適切な経理体制を整えることが重要です。

電子申告（e-Tax）の利用方法

近年、法人の電子申告（e-Tax）の利用が推進されており、大法人については電子申告が義務化されています。

合同会社においても、e-Taxを利用することでさまざまなメリットがあります。

☆ e-Taxのメリット：

• 税務署に行く手間が省ける
• 24時間365日申告可能（メンテナンス時間を除く）
• 添付書類の提出省略が可能
• 即時に受付結果を確認できる
• 還付金がより早く支払われる

e-Taxを利用するためには、以下のものが必要です：

1. 法人用の電子証明書（マイナンバーカードの電子証明書や民間の電子証明書）
2. ICカードリーダーまたはマイナンバーカード対応のスマートフォン
3. e-Tax対応の会計ソフトまたはe-Tax WEBサイト

e-Tax利用の大まかな流れは以下の通りです：

1. e-Taxの開始届出書を提出（初回のみ）
2. 電子証明書の取得・登録
3. 会計ソフトで決算書・申告書を作成
4. 電子署名を付与して送信
5. 受付結果を確認

令和2年4月1日以後に開始する事業年度については、資本金1億円以下の中小法人でも添付書類のPDFによる提出が認められるようになり、より利便性が向上しています。

特に利用頻度の高い会計ソフトには、「freee」「マネーフォワード」「弥生会計」などがあり、これらはe-Taxとの連携機能を備えています。

初めて電子申告を行う場合は、これらのソフトを活用すると効率的です。

なお、e-Taxで申告した場合でも、納税は別途行う必要があります。

納税方法としては、電子納税（ダイレクト納付、インターネットバンキング）、振替納税、コンビニ納付、クレジットカード納付などの方法があります。

確定申告は合同会社の運営において最も重要な財務手続きの一つです。

期限に余裕を持って準備を行い、必要に応じて税理士に相談することをお勧めします。
特に設立初年度は手続きに不慣れなことが多いため、早めの対応が重要です。

▶ 会社設立の代行費用実質0円、個人事業主とのメリットデメリット流れと手順

合同会社の節税対策と注意点

合同会社を運営する上で、法律の範囲内でいかに税負担を抑えるかは重要な経営課題です。

ここでは合法的な節税対策とその際の注意点について解説します。

適切な節税策を講じることで、事業の継続性と安定した利益確保につながります。

経費計上による節税のポイント

合同会社の節税対策として最も基本的なのが、適切な経費計上です。

利益に対して課税される法人税を減らすためには、合法的に経費を計上することが重要になります。

まず押さえておきたいのは、経費として認められる条件です。

税法上、経費として認められるのは「事業と直接関係があり、通常かつ必要な出費」とされています。

個人的な支出との区別が曖昧になりがちな費目については、特に注意が必要です。

特に注目すべきは、固定資産の減価償却制度の活用です。

合同会社では、一定の条件を満たせば30万円未満の少額減価償却資産を全額経費計上することができます。
また、中小企業投資促進税制や少額減価償却資産の特例なども活用できるケースがあります。

合同会社が積極的に活用すべき制度として、中小企業経営強化税制があります。
これは一定の設備投資を行った場合、即時償却または税額控除が受けられる制度です。

事前に「経営力向上計画」の認定を受ける必要がありますが、大きな節税効果が期待できます。

役員報酬の決め方と税金への影響

合同会社の役員報酬は、適切に設定することで大きな節税効果を生み出します。

法人税と所得税のバランスを考慮した最適な報酬設計が求められます。

まず押さえておくべきは、役員報酬には「定期同額給与」「事前確定届出給与」「業績連動給与」の3種類があるという点です。

一般的な合同会社では「定期同額給与」が最も一般的です。

定期同額給与として認められるためには、毎月同じ金額を支給することが原則です。

年度途中での変更は原則として認められませんが、次のような例外があります：

• 経営状況が著しく悪化した場合の減額
• 業務内容や役職の変更に伴う増減額
• 事業年度開始から3ヶ月以内の変更

役員報酬の最適化においては、法人の所得と個人の所得税率を考慮することが重要です。

法人税率（原則23.2%、資本金1億円以下の法人は所得800万円以下の部分は15%）と所得税の累進税率を比較し、最も税負担が少なくなるバランスを見つける必要があります。

一般的には、所得税の税率区分が大きく変わる境界線を意識した報酬設計が効果的です。
例えば、所得税の税率が20%から23%に上がる695万円付近や、23%から33%に上がる900万円付近で調整することが多くあります。

また、役員報酬を抑え、役員賞与を活用する方法もあります。
ただし、役員賞与は法人税法上、原則として損金不算入となるため、事前確定届出給与などの制度を活用する必要があります。

赤字繰越と繰戻しの活用法

合同会社が決算で赤字を計上した場合、その赤字を有効活用することで将来の税負担を軽減できます。

具体的には「繰越欠損金」制度と「欠損金の繰戻し還付」制度があります。

まず繰越欠損金制度では、赤字を10年間繰り越して将来の黒字と相殺することができます。
これにより将来の課税所得を減らし、納税額を抑えることが可能です。

ただし、繰越欠損金の控除には上限があります。

大法人（資本金1億円超）の場合、各事業年度の所得の50%までしか控除できませんが、中小法人である合同会社の場合は、所得金額の100%まで控除できる特例があります。
これは大きなメリットといえるでしょう。

一方、欠損金の繰戻し還付制度は、当期の赤字を前期の黒字と相殺して、すでに納付した法人税の一部を還付してもらう制度です。

資本金10億円以下の中小法人のみが利用できるため、多くの合同会社はこの制度を活用することができます。

繰戻し還付を申請する場合は、確定申告書の提出と同時に「欠損金の繰戻しによる還付請求書」を提出します。

還付金は約1〜2ヶ月程度で還付されるため、資金繰りの改善にも役立ちます。

税務調査で指摘されやすいポイント

合同会社の節税対策を検討する際には、適法性を常に意識することが重要です。

節税と脱税は明確に区別されるものであり、税務調査で指摘されやすいポイントを事前に把握しておきましょう。

まず最も多い指摘事項は、個人的経費の混入です。
特に代表社員が少人数の合同会社では、プライベートと事業の区別が曖昧になりがちです。

以下のような項目は特に注意が必要です：

• 家族旅行を出張として経費計上
• 個人的な交際費の計上
• 家族の飲食費を会議費として計上
• 私用車の維持費全額を経費計上

次に注意すべきは役員報酬の不当な操作です。

恣意的に役員報酬を変更したり、特定の役員に対する過大な報酬は「隠れた利益配分」と判断される可能性があります。

定期同額給与の3ヶ月ルールを遵守し、業務内容に見合った報酬設定を心がけましょう。

合同会社で特に多いのが、役員への貸付金に関する問題です。
実態が役員への利益供与と判断されると、貸付金が給与として課税される可能性があります。
貸付金には適正な利息を設定し、返済計画を明確にしておくことが重要です。

取引記録の不備も税務調査での大きな指摘事項です。
特に現金取引の多い事業では、領収書の保管や帳簿記載が疎かになりがちです。

すべての取引を正確に記録し、7年間の保存義務を遵守することが重要です。

最後に重要なのが、継続性の原則です。

会計処理や経費計上の方法を恣意的に変更すると、税務調査で疑義を持たれる可能性が高まります。

会計方針を変更する場合は、合理的な理由を明確にし、必要な手続きを経ることが大切です。

税務調査は通常3〜7年周期で行われますが、不審な兆候がある場合はそれより早く調査が入ることもあります。

日頃から適正な経理処理を心がけ、税理士などの専門家と連携して、適法かつ効果的な節税対策を実施することをお勧めします。

特別償却制度の活用法

合同会社の節税対策として見逃せないのが、特別償却制度の活用です。
この制度は一定の設備投資に対して通常の減価償却に加えて特別償却を認めるもので、初年度の経費計上額を増やすことができます。

中小企業経営強化税制では、生産性向上に資する設備投資について即時償却または最大10%の税額控除が受けられます。
また、中小企業投資促進税制では、一定の機械装置等を取得した場合に30%の特別償却または7%の税額控除を選択できます。

合同会社の経営者が知っておくべき重要なポイントとして、これらの特別償却制度は事前に「経営力向上計画」などの認定を受ける必要がある点が挙げられます。
設備投資の計画段階から税制優遇措置を視野に入れた戦略的な経営判断が求められます。

経営者の退職金戦略

合同会社の社員（メンバー）が退職する際の退職金も、重要な節税ポイントとなります。
退職所得は他の所得と比較して税制上の優遇措置があり、適切に活用することで税負担を大幅に軽減できます。

退職所得の計算方法は「(退職金の額 – 退職所得控除額) × 1/2」となっており、長期勤続者ほど有利な計算となります。
退職所得控除額は勤続年数によって計算され、20年以下の場合は「40万円×勤続年数」、20年超の部分は「70万円×(勤続年数-20年)」となります。

合同会社では役員退職金の支給基準を事前に定めておくことが重要です。
役員退職金の金額が不当に高額と認められた場合、損金不算入とされる可能性があります。

一般的な基準としては「最終報酬月額×在任年数×功績倍率」といった計算式が用いられることが多いです。

また、退職金の原資を確保するために、小規模企業共済や中小企業退職金共済制度の活用も検討すべきです。
これらの掛金は全額損金算入できるため、計画的な資金準備と節税対策を同時に実現できます。

合同会社に関するよくある税金の質問

合同会社を運営していく中で、多くの経営者が税金について様々な疑問を抱えています。

ここでは、特に質問が多い税務上の論点について詳しく解説します。

合同会社の代表者の所得税はどうなる？

合同会社の代表者（社員）が受け取る報酬には、大きく分けて「役員報酬」と「利益分配」の2種類があります。
これらは税務上の扱いが異なるため、理解しておくことが重要です。

役員報酬は給与所得として所得税の課税対象となります。

会社側では経費（損金）として計上できますが、代表者個人は源泉徴収された後の金額を受け取り、確定申告で総合課税として申告する必要があります。

一方、利益分配（配当）は配当所得として課税されます。

合同会社の場合、株式会社と異なり「みなし配当」という特殊な取り扱いがなされることがあります。

なお、合同会社の代表者が同族会社の役員に該当する場合は、役員報酬の額が不当に高額と認められると、その部分は損金不算入となる場合があるため注意が必要です。

役員報酬の決定と変更に関する注意点

合同会社における役員報酬は、事前に決定し、原則として期中での変更は認められません。
変更する場合は、業績悪化などの特別な事情が必要です。
役員報酬を恣意的に変更して節税することは税務調査でしばしば指摘の対象となりますので、適切な手続きを踏むことが重要です。

また、代表者が複数の役職を兼任している場合（例：代表社員兼経理担当など）であっても、原則として全体を役員報酬として取り扱う必要があります。

個人事業主から合同会社への変更時の税金

個人事業主から合同会社へ事業形態を変更する際には、様々な税務上の影響があります。

事業譲渡方式での移行時の税金

個人事業から合同会社への移行で最も一般的な方法は「事業譲渡方式」です。
この場合、個人事業主が保有していた事業用資産を合同会社に譲渡したとみなされ、譲渡所得税が発生する可能性があります。

例えば、取得価額500万円の事業用機械を時価800万円で合同会社に譲渡した場合、差額の300万円に対して譲渡所得税が課されます。
ただし、この譲渡所得については特例措置が適用される場合があります。

青色申告承認申請書の提出

合同会社設立後も青色申告のメリットを享受するためには、設立日（または事業開始日）から2ヶ月以内に「青色申告の承認申請書」を提出することが必要です。
これを忘れると、最初の事業年度は青色申告のメリットを受けられないので注意が必要です。

消費税の課税事業者選択届出書

合同会社設立初年度は原則として消費税の免税事業者となりますが、設立1期目から課税事業者となることを選択することも可能です。
特に設備投資が多い創業期には、消費税の還付を受けられる課税事業者を選択するメリットがあります。
この場合、事業開始日から1ヶ月以内に「消費税課税事業者選択届出書」を提出する必要があります。

合同会社の廃業・解散時の税金処理

合同会社を廃業・解散する際には、様々な税金処理が必要となります。

適切に対応しないと、思わぬ税負担が生じる可能性があります。

合同会社解散時の清算所得課税

合同会社が解散する場合、清算手続きが必要となります。
清算期間中に発生した所得（清算所得）には法人税が課税されます。
清算所得とは、残余財産の価額から資本金等の額を控除した金額です。

例えば、解散時の残余財産が1,000万円、資本金等の額が300万円の場合、清算所得は700万円となり、これに対して法人税等が課税されます。

解散時の消費税の処理

合同会社解散時には、保有する資産の処分に伴い消費税の課税関係が生じます。
棚卸資産や固定資産を処分する際には、その譲渡価額に対して消費税が課税される点に注意が必要です。
また、解散後の最終事業年度の消費税申告も忘れずに行う必要があります。

残余財産分配時の税金

清算結了時に社員に対して残余財産が分配される場合、社員個人には所得税が課税されます。
この際の課税関係は以下のようになります：

合同会社の解散時には、未払いの税金や社会保険料を清算することも忘れてはなりません。
特に源泉所得税や住民税の特別徴収分については、納付漏れがないよう注意が必要です。

廃業時の欠損金の取扱い

廃業時に欠損金（繰越赤字）がある場合、一定の条件を満たせば「欠損金の繰戻し還付」を受けることができます。
これは前年度に納付した法人税の一部が還付される制度で、資金回収の観点から検討する価値があります。

還付を受けるためには、解散した日から1ヶ月以内に「欠損金の繰戻しによる還付請求書」を提出する必要があります。

合同会社と家族従業員の税務処理

合同会社では、経営者の配偶者や子どもなどの家族が従業員として働くケースが多くあります。
この場合の税務処理には特に注意が必要です。

家族従業員の給与の損金算入

合同会社であれば、家族従業員に支払う給与は、実態に即した適正な金額であれば全額損金算入が可能です。
これは個人事業主の青色事業専従者給与と異なり、上限額の制限がないという大きなメリットです。

ただし、家族従業員の給与が「不相当に高額」と判断されると、その超過部分は損金不算入となる可能性があります。
給与額の決定には、従事する業務内容、勤務時間、市場相場などを考慮することが重要です。

家族を社員（出資者）にする場合の税務

家族を合同会社の社員（出資者）として迎え入れる場合、所得分散による節税効果が期待できます。
合同会社では利益分配を出資比率に関わらず自由に決定できるため、家族への所得分散が比較的容易です。

ただし、税務上の「同族会社の行為計算否認規定」により、不自然な利益分配は否認される可能性があるため、出資比率や経営への貢献度に応じた合理的な分配を心がける必要があります。

まとめ

本記事では、合同会社に関する税金について、設立から確定申告までを網羅的に解説しました。

合同会社は株式会社と比較して設立コストが低く、税制面でも中小企業向け軽減税率の適用が受けやすいというメリットがあります。

一方で、売上が1,000万円を超えると消費税の課税事業者となる点や、役員報酬の設定により社会保険料と所得税のバランスを考慮する必要があることなど、注意点も存在します。

確定申告では、青色申告を活用することで特別控除や赤字繰越などの恩恵を受けられます。
また、国税庁のe-Taxを利用した電子申告も手続きの簡素化に役立ちます。

合同会社の経営者は、適切な経費計上と役員報酬の設定、そして消費税の納税管理を適切に行うことで、法令順守と節税の両立が可能です。

税金対策は事業成長に不可欠ですので、必要に応じて税理士などの専門家に相談することをお勧めします。

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